Мой сын-мусульманин попал в беду, какие мне, маме православной, читать молитвы о нем? Как молиться о нем в храме, с какой конкретно молитвой можно поставить свечу?

Вы, как православная христианка, можете и должны за него молиться. В своей домашней молитве Вы можете молиться и использовать любое подходящее молитвенное последование. В Свято-Вознесенском кафедральном соборе Вы можете подать за него записку на молебен. На Литургию за некрещеных записки не принимаются. Когда ставите свечу, можете молиться как считаете нужным, прося у Бога, Пресвятой Богородицы или святых помощи и заступления за своего сына. Если Вам нужна консультация по поводу молитвы, то Вы можете обратиться с священнику или задать вопрос в лавках храма.